灰指甲的治疗方面，首先要做好检查的注意事项，判断出哪方面的细菌。经过细菌的菌种研制，判断出目前在指甲上面是某些微生物在作怪，然后根据这些微生物选择可以抑制的用药。不管挂哪个科，灰指甲，都是需要进行外科检查的。

　　手上灰指甲检查：

　　1、流式细胞法

　　流式细胞法能在分子水平上鉴定出真菌，是第二种对真菌感染的灰指甲的诊断技术。这种技术成功地应用判定细菌和真菌不同微生物的分子性质，可以准确地鉴定甲板上存在的真菌属于哪类，除此之外还能明确甲组织标本中不同包含的菌种类型、数目和总量。这一技术可用于灰指甲的微生物研究。

　　2、分子生物学研究方法

　　本方法对念珠菌的研究较多，很少见用于灰指甲的诊断报道上。总之，灰指甲的诊断要从临床结合真菌学检查结果作出。一次直接镜检、培养阴性不能排除诊断，要多次检查方可排除。对于念珠菌感染的灰指甲来说，临床上有念珠菌甲沟炎，在慢性粘膜皮肤念珠菌病、雷诺病、柯兴综合征时，甲板内有酵母及菌丝，培养分离到白色念珠菌，则可诊断为念珠菌性甲真菌病。如镜下仅见酵母菌，分离到的不是白色念珠菌，组织病理学检查、单克隆抗体技术也可以帮助确定酵母菌的致病性。

　　患者自己往往很难分辨指甲改变的原因，医生也不能单凭经验而下诊断，确诊灰指甲最根本的证据就是真菌检查。在患甲上刮取少量碎屑，直接涂片用显微镜观察或者在真菌培养基上培养，真菌感染者可看到真菌的孢子和菌丝或培养出真菌菌落，而非真菌感染者则不能看到或培养出。